手动控制飞船是玩家需要掌握的核心操作之一。飞船的基础控制包括移动、加速、减速和转向等基本动作，这些操作通过游戏界面中的指令系统完成。玩家需要消耗策略值来下达指令，每项指令都会影响舰队的行动效率。熟练掌握基础操作是进行复杂战术调度的前提，尤其在战斗场景中，精准的移动和转向能有效规避敌方火力或占据有利攻击位置。
飞船的武器系统、防御系统和特殊技能需要玩家在战斗中手动激活和调配。不同类型的武器有各自的攻击范围和冷却时间，合理搭配使用能最大化输出效率。防御系统如护盾和装甲修复需要根据战场形势手动开启，特殊技能如短暂加速或无敌效果则需把握关键时机释放。这些操作不仅影响单场战斗结果，也决定了长期战役中的资源消耗比。
战术层面的手动控制体现在舰队编队和阵型调整上。玩家可以根据敌方舰船类型实时调整己方舰队的排位顺序，例如将高护甲单位前置吸收伤害，或让输出型舰船保持安全距离。战斗中还能手动锁定特定目标进行集火攻击，这种微观管理能显著提升对高价值目标的摧毁效率。需锁定优先级会受到舰船排位和武器战斗序列的影响。
远距离航行时的手动控制主要涉及曲率航行和增援机制。曲率航行需要提前设置中转点，通过一次性消耗策略值实现长距离跃迁。增援功能允许玩家快速调动不超过五艘的舰船加入现有舰队，此操作不占用指挥值但会改变航行模式。工程船与侦查舰的配合使用能优化远距离建造效率，先派遣高速侦查舰建立计划圈，再通过增援方式调遣工程船。
后期进阶操作包括封锁与驻守指令的战术应用。封锁需要至少两支舰队协同执行，能有效控制特定区域的制空权；驻守则用于保护关键资源点，仅在遭受攻击时触发反击。这些功能需要玩家精确计算舰队配置和部署时间，错误的指令可能导致战略资源浪费。预制模块的携带虽然不能实现战场维修，但能预先配置多种战术方案以适应不同战况。
飞船的个性化定制为手动控制提供了更多可能性。每艘战舰有5-7个可改造的配件系统，包括武器、护甲、动力和能源等模块。通过蓝图研究获得的技术点可以强化这些模块属性，不同加点方案会显著改变舰船的战斗风格。建议优先提升命中率、伤害输出和锁定速度等关键属性，这些强化能直接提升手动控制时的操作反馈和战术执行效率。
