技能学习主要通过等级提升、技能机器（TM）和隐藏机器（HM）、技能学习师以及遗传四种主要方式实现。每种口袋妖怪都有固定的等级技能学习表，当达到特定等级时会自动掌握新技能。技能机器和隐藏机器是游戏中可收集的特殊道具，使用后能让特定口袋妖怪学会无法通过升级获得的技能，这些道具通常散落在游戏世界各处或通过完成任务获得。隐藏机器技能还具有场外实用功能，如碎岩（HM06）可破坏障碍物，闪光（HM05）能照亮黑暗洞穴。
游戏中的特定地点会出现技能学习师NPC，满足条件后他们能教授特殊技能。例如在沙翁市船舶中心可获得怪力HM，与船员对话后即可让符合条件的口袋妖怪学习这个兼具战斗和场景互动功能的强力技能。遗传机制则更为复杂，通过繁殖让后代继承亲代的特定技能，这需要对口袋妖怪的繁殖系统和遗传规则有深入理解。HM技能一旦学习就无法随意遗忘，需要谨慎选择学习的口袋妖怪。
技能搭配对战斗策略至关重要，合理的技能组合能应对不同属性的对手。物理攻击型技能适合高攻击种族值的口袋妖怪，而特殊攻击技能则取决于特攻数值。场景技能如居合斩（HM01）和冲浪（HM03）不仅用于战斗，还能帮助探索游戏世界，开启新的区域。建议在队伍中培养多只分别掌握不同HM技能的口袋妖怪，以应对各种地形障碍。
获取技能机器的途径多样，包括击败道馆馆主、完成支线任务、商店购买或隐藏道具探索。部分稀有技能机器如破坏光线（TM15）和龙之怒（TM02）需要仔细搜寻游戏场景。月见山可获得化石并复活古代口袋妖怪，它们往往掌握独特技能。游戏中期开始出现的技能回忆师能帮助口袋妖怪重新学习已遗忘的等级技能，但需要消耗心之鳞片。
培养口袋妖怪时需考虑技能与特性的协同效应。某些特性如技师能增强低威力技能的效果，旱灾特性会强化火系技能威力。后期可通过战斗边疆等设施检验技能组合的实际效果，并根据对战反馈进行调整。记住随时保存游戏进度，特别是在使用稀有技能机器前，避免因误操作造成不可逆的资源浪费。掌握这些技能学习机制将显著提升游戏体验和战斗效率。
