要顺利通过水舰队基地，首先需要完成前置剧情。在凯那市码头触发水舰队偷走潜水艇的剧情后，返回水静市右上角的水上山洞，与水舰队成员对话得知老大已前往海底洞窟。需使用冲浪术进入基地外围水域，沿北部方向前进即可发现入口洞穴。进入基地后需击败内部干部并获取关键道具大师球，同时注意基地内部分区域需要推石或碎岩才能通行。
基地内部结构复杂，建议提前调整队伍配置。携带具备冲浪、怪力、碎岩等秘传机技能的精灵可避免卡关。战斗方面，水舰队成员多使用水系或恶系精灵，推荐使用电系或草系技能快速清场。基地最深处的干部战难度较高，其主力精灵等级普遍在40级以上，建议队伍平均等级达到45级左右并备足恢复道具。
除大师球外，基地内还藏有金珠、顽皮弹等物品，部分需要破坏特定墙面才能获取。通过水舰队基地后，剧情将引导玩家前往海底洞窟继续追踪水梧桐，需确保已从绿岭市大吾处获得潜水术，否则无法推进后续内容。
最终突破水舰队基地的核心在于路线规划与资源管理。基地内部分岔路会循环回入口，需优先解决推石谜题打开通路。若遭遇卡关，可参考地图标记的关键节点：从入口→推石区→干部房间→潜水艇停放处为线性流程。完成全部剧情后，水舰队主线任务将衔接至神兽盖欧卡的唤醒事件，为后续挑战第七道馆奠定基础。
